Dikenali sebagai Pelam oleh peminat hijau kuning, Shafizan terpilih dalam kesebelasan utama Kedah selepas Roshaidi Wahab mengalami kecederaan pada musim 2006/07. Pada 30 Jun, 2007, Shafizan membantu Kedah menjuarai Piala FA Malaysia selepas menewaskan Perlis FA 4-2 menerusi sepakan penalti. Selepas itu, dia membantu kedah menjuarai Liga Super Malaysia, dan Piala Malaysia.

Pada musim 2008, Shafizan sekali lagi membantu Kedah menjuarai tiga piala iaitu Liga Super, Piala FA, dan Piala Malaysia. Pada masa yang sama, Shafizan membuat penampilan sulung bersama pasukan utama Malaysia ketika menentang India pada 22 Julai, 2008 sebagai kesebelasan utama. Dia kemudian terpilih mewakili kesebelasan Malaysia untuk menentang Chelsea F.C.. Pada perlawanan ini, Malaysia XI tumpas 0-2.